对于员工A与员工B自愿达成一致后，公司能否根据签订的书面协议直接扣除员工的工资，现做出以下分析：

1、根据劳动部《工资支付暂行规定》(以下简称“《规定》”)第十五条规定：“用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：

(1)用人单位代扣代缴的个人所得税;

(2)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;

(3)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;

(4)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

劳动部《对<工资支付暂行规定>有关问题的补充规定》第三条对第十五条做出补充说明，“克扣”系指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资(即在劳动者已提供正常劳动的前提下用人单位按劳动合同规定的标准应当支付给劳动者的全部劳动报酬)。不包括以下减发工资的情况：(1)国家的法律、法规中有明确规定的;(2)依法签订的劳动合同中有明确规定的;(3)用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的;(4)企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的(但支付给劳动者工资不得低于当地的最低工资标准);(5)因劳动者请事假等相应减发工资等。

对于公司代扣B员工工资偿还第三人的债务，虽然有书面协议，且是员工双方的真实意思表示，但是这种情况并完全的民事法律关系，还涉及劳动法律关系。这种代扣工资不属于《规定》及补充规定中列明的可以代扣工资的所有情况。没有法院的判决和裁定，仅凭借书面协议，公司的这种代扣是没有法律依据的，会被认定为“克扣”员工工资的行为。

而根据《规定》第十八条：各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资。

根据规定公司这种“克扣劳动者工资”的行为会给公司带来一定的风险，如若将来B员工以此为由提出劳动仲裁，公司不仅需要将代扣的员工工资补齐、支付其经济补偿金，还可能要支付赔偿金。

2、在该三方协议中，员工A、B系债权债务关系，公司作为第三方参与，是第三人代为履行，是债务承担，是担保行为亦或是其他，难以界定其间的法律关系。但无论是何种关系，根据《民事诉讼法》的规定，如果员工A与B将来就还款相关事宜发生诉讼纠纷，法院肯定会根据该三方协议的约定，将公司列为民事诉讼第三人，公司也会被牵扯入员工的纠纷中去。

3、在该债权债务关系中，员工A有双重身份，他既是债权人又是B的直接领导。若将来B员工对归还欠款的情况有异议，提出其与A员工及公司签订的三方协议是在公司与上级胁迫的情况下签订的，自己并非自愿只是为了保住工作，并提交一些“所谓的”证据来支持其说法。根据《民法总则》第150条的规定，一方或第三方以胁迫手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受胁迫方有权请求人民法院或仲裁机构予以撤销。那么该协议可能会处于被撤销的相对无效的状态，公司还可能面临需要再次补足B员工工资的风险。

对于公司来说，签订三方协议、扣划员工工资在操作上很容易，但是给公司造成的风险相对较大，为了控制公司将来可能面临的风险，防止公司牵扯进一些不必要的诉讼，以及维护公司良好的企业形象，建议公司不要参与代扣员工工资偿还他人债务的行为，由员工自行协商解决债务问题。若今后员工A与B就该债务向法院提起诉讼，并进入执行阶段，公司后续可以依据法院的判决书等裁判文书协助执行。

同时公司也应当注意除了《规定》、补充规定中的几种情况，不要轻易克扣员工工资，否则可能面临支付经济补偿金的后果。

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